Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme mikroskopik yang sebagian besar berupa satu sel yang terlalu kecil untuk dapat dilihat menggunakan mata telanjang. Mikroba berukuran sekitar seperseribu milimeter (1 mikrometer) atau bahkan kurang, walaupun ada juga yang lebih besar dari 5 mikrometer. Karenanya, mikroba hanya bisa dilihat dengan menggunakan alat bantu berupa mikroskop.

Zoologis Jerman, EH Haeckel (1866) mengklasifikasikan makhluk hidup menjadi tiga dunia, yaitu dunia tanaman, hewan, dan protista. Protista atau mikro organisme yang bukan hewan dan tanaman ini sebagian besar terdiri dari hanya satu sel. Kedalam golongan protista ini termasuklah bakteri, alga, fungi (kapang dan khamir), dan protozoa. Virus tidak termasuk protista karena bukan makhluk satu sel.

Berdasarkan organisasi selularnya, protista dibagi menjadi dua golongan yaitu protista tingkat rendah (prokaryot) dan protista tingkat tinggi (eukaryot). Alga hijau biru dan bakteri tergolong kepada prokaryot. Sebagian mikrobiologist menganggap alga hijau biru adalah bakteri juga. Golongan eukaryot terdiri atas protozoa, fungi (khamir dan kapang), dan alga dimana organisasi selularnya sudah relatif sempurna menyerupai tanaman atau hewan.

Mikroba terdapat dimana-mana dalam alam. Mikroba dapat ditemui mulai dari dasar lautan yang paling dalam sampai ke puncak gunung yang paling tinggi. Mikroba ada yang hidup dalam air dingin, juga ada yang tahan hidup dalam air panas pada suhu tinggi bahkan ada yang sampai 250 derajat Celcius. (extremophilic).

Tanah yang kita injak dipenuhi oleh mikroba. Mikroba dapat terbawa bersama aliran air ke sungai, danau dan laut. Mikroba dapat ditemui dimana mereka menemukan makanan, kelembaban (air), dan suhu yang cocok untuk pertumbuhan dan perkembangbiakannya. Karena kondisi yang cocok untuk kehidupan manusia juga cocok bagi mikroba maka tidak dapat dihindari bila kita hidup berdampingan dengan mikroba.

Mikroba ada dalam udara yang kita hirup. Dia mungkin juga ada dalam makanan yang kita makan dan minuman yang kita minum terutama makanan dan minuman yang sudah terkontaminasi, dipermukaan kulit, dalam mulut, hidung dan setiap lubang pada tubuh, serta dalam saluran pernafasan dan pencernaan.

Mikroba lebih banyak lagi ditemui pada tanaman dan hewan. Sebagian besar mikroba tidak berbahaya bagi manusia, dan manusia yang sehat diberi kemampuan oleh Yang Maha Kuasa untuk bertahan dari serangan mikroba yang berbahaya sampai batas-batas tertentu.

Mikroba baik dan jahat
Ada dua jenis mikroba dilihat dari manfaatnya, yaitu mikroba baik dan mikroba "jahat". Mikroba yang baik bagi manusia diantaranya adalah mikroba pangan dan industri yang membantu manusia dalam pembuatan keju, yoghurt, tempe, oncom, kecap, tape, ragi roti, asam amino, asam organik, pelarut organik, enzim, obat-obatan, dan sebagainya.

Mikroba juga membantu mendekomposisi (menghancurkan) bahan organik seperti sampah-sampah organik sehingga mengurangi jumlah sampah dan bisa pula menjadi pupuk bagi tanaman. Tetapi mikroba yang tidak baik juga tidak kurang jumlahnya yaitu mikroba yang menyebabkan berbagai penyakit pada manusia serta mikroba yang mengakibatkan basi atau kerusakan bahan makanan dan minuman.

Dalam konteks makanan halal, salah satu mikroba yang cukup kontroversi akhir-akhir ini, yaitu mikroba dari jenis bifidobacteria. Mikroba ini adalah bakteri yang banyak ditemukan dalam usus bayi yang hanya mengkonsumsi ASI. Bifidobacteria menjadi penting karena merupakan salah satu probiotik yang dapat menekan pertumbuhan mikroba patogen lain dalam usus bayi dan merangsang kekebalan tubuh bayi.

Karena berfungsi sebagai probiotik maka ilmuwan dari industri mengisolasinya pertama kali dari kotoran bayi sehat yang hanya mengkonsumsi air susu ibu. Setelah diisolasi, bakteri ini dimurnikan berkali-kali agar tidak terkontaminasi oleh bakteri lain.

Pemurnian dilakukan dengan melarutkannya dalam air garam sampai ratusan ribu kali, kemudian ditumbuhkan pada media agar, diisolasi lagi, dan ditumbuhkan lagi berkali-kali sampai ratusan kali.

Bifidobacteria yang dipakai sekarang adalah isolat yang sudah berumur sekitar 35 tahun sejak diisolasi pertama kali tersebut. Setelah dibersihkan dan dimurnikan berkali-kali dan telah 35 tahun sejak diisolasi pertama kali, maka pertanyaannya sekarang, apakah bifidobacteria ini sudah halal digunakan untuk makanan atau minuman yang berfungsi sebagai probiotik? Jawabannya tentu memerlukan fatwa dari ulama.